Az Európai Unió a területén megmaradt természetes élőhelyek, valamint a vadon élő állat- és növényfajok védelme érdekében hozta létre az uniós védelemre érdemes területek összefüggő rendszerét, Natura 2000 néven. A rendszer kulcskérdése, hogy hogyan lehet a jelen generációk szükségleteit úgy kielégíteni, hogy a jövő generációit ne fosszuk meg a természettel való harmonikus együttélés lehetőségétől, és ne érje visszafordíthatatlan károsodás mindannyiunk természeti örökségét. A Vértesi Natúrpark területén két Natura 2000 terület található: a HUDI30002 kódszámú Zámolyi-medence és HUDI30001kódszámú Vértes.